Nintendo ha riferito che sarà necessaria una connessione ad internet stabile per poter giocare a Super Mario Run. Durante una recente intervista il direttore di Nintendo Shigeru Miyamoto ha detto:
Riteniamo che il nostro software sia una risorsa molto importante per noi. Lo è anche per i consumatori che acquistano il gioco, vogliamo dimostrare di essere in grado di offrire loro un software che sia sicuro e che siano in grado di giocare in un ambiente stabile […] Voglia dimostrare di essere in grado di sfruttare tale connessione di rete…in modo da mantenere il software sicuro.
Quando è stato chiesto di spiegare se per “sicurezza”, Miyamoto si riferisse al rischio di pirateria, il creatore di Mario ha risposto: “Questo è corretto.” Ha continuato a dire che la sicurezza è almeno in parte il motivo per cui Nintendo ha deciso di lanciare Super Mario Run per iOS il 15 dicembre, ben prima del rilascio su Android atteso per il 2017. Miyamoto ha spiegato il motivo per cui tutte e tre le modalità di gioco richiedono una connessione Internet:
Avevamo pensato a un certo punto che sarebbe stato bello avere la modalità World Tour (per la storia) disponibile in versione standalone, in modo da giocare senza connessione. Ma poi la difficoltà sta quando il gioco è in modalità standalone, in realtà è complicato che la connessione torni alle modalità Toad Rally e Kingdom.