Deus Ex 3 era in sviluppo presso gli studi Ion Storm ad un certo punto dopo la pubblicazione di Deus Ex 2: Invisible War, ancor prima che Human Revolution fosse concepito. È quanto svelato da Joe Martin ad una recente presentazione tenuta al VideoBrains e numerosi dettagli riguardo alle trame possibili sono stati specificati, in quanto ne erano state prese in considerazione ben due differenti. Sembra infatti che la prima storia, ambientata dopo gli avvenimenti del secondo capitolo, si basasse sulle vicende di un soldato potenziato Black Ops che scopre di essere stato usato dai suoi superiori per scopi poco chiari, e che questi ultimi minacciano di far del male alla sua famiglia nel caso si rifiutasse di collaborare. Una seconda trama invece tratta degli avvenimenti immediatamente successivi al primo Deus Ex, dove il protagonista cerca di salvare la propria sorella in un mondo dove ogni sistema di comunicazione è fuori uso. Questo documentario è indubbiamente interessante, anche perchè Joe Martin racconta le sue collaborazioni con artisti del calibro di Richard Garriot, Ken Levine e Harvey Smith.